一、微調部分故障的排除常見的故障是卡死與失效。
微調部分安裝在儀器內部，其機械零件細小、緊湊，是便攜式金相顯微鏡中精細復雜的部分。微調部分的故障應由專業顯微鏡技術人員進行修理。
二、粗調部分故障的排除時，它主要故障是自動下滑或升降時松緊不一。
所謂自動下滑是指鏡筒、鏡臂或載物臺靜止在某一位置時，不經調節，在它本身重量的作用下，自動地慢慢落下來的現象。其原因是鏡筒、鏡臂、載物臺本身的重力大于靜摩擦力引起的。解決的辦法是增大靜摩擦力，使之大于鏡筒或鏡臂本身的重力。對于斜筒及大部分雙目顯微鏡的粗調機構來說，當鏡臂自動下滑時，可用兩手分別握往粗調手輪內側的止滑輪，雙手均按順時針方向用力擰緊，即可制止下滑。
另外，鏡筒自動下滑，往往給人以錯覺，誤認為是齒輪與齒條配合的太松引起的。在齒條下加墊片。這樣，鏡筒的下滑雖然能暫時止住，但卻使齒輪和齒條處于不正常的咬合狀態。運動的結果，使得齒輪和齒條都變形。尤其是墊得不平時，齒條的變形更厲害，結果是一部分咬得緊，一部分咬得松。因此，這種方法不宜采用。還有一種原因是粗調機構長久失修，潤滑油干枯，升降時會產生不舒服的感覺，甚至可以聽到機件的摩擦聲。這時，可將機械裝置拆下清洗，上油脂后重新裝配。
三、便攜式金相顯微鏡轉換器故障的排除，一般情況下，物鏡轉換器的故障是定位裝置失靈。
一般是定位彈簧片損壞(變形、斷裂、失去彈性、彈簧片的固定螺釘松動等)所致,更換新彈簧片時，暫不要把固定螺釘旋緊，應先作光軸校正。等合軸以后，再旋緊螺絲。若是內定位式的轉換器，則應旋下轉動盤中央的大頭螺釘，取下轉動盤，才能更換定位彈簧片，光軸校正的方法與前面相同。
